Desde el año 2015, el Centro Científico Tropical (CCT) tiene la responsabilidad de ejecutar la regencia ambiental del proyecto Terminal de Contenedores Moín, la cual consiste en el verificación del cumplimiento de las medidas de mitigación y de los compromisos ambientales adquiridos por la empresa APM Terminals Moín S.A., la cual a manera de concesionario del Estado costarricense, es la desarrolladora del Proyecto.

En la regencia ambiental participa un equipo multidisciplinario de 7 profesionales especialistas en diversos campos, entre ellos Ingeniería de Puertos y Costas, Oceanografía, Biología Marina y Terrestre, Ingeniería Civil y Ambiental, Hidrología y Sociología.

Además, el CCT ejecuta el Plan de Gestión Ambiental, el cual se desarrolla a través de más de siete Programas de Monitoreo específicos en el Área de Influencia Directa e Indirecta. Estos Programas incluyen desde monitoreos de la calidad ambiental (agua, aire y suelos) hasta apoyo a las comunidades y Asociaciones Comunales.