En Septiembre del 2006, el CCT logró la certificación como ONG Benchmarking, la cual garantiza a los organismos donantes, las entidades financieras y a los Estados, que el CCT cumple con las mejores prácticas y transparencia contenidas en el ONG Benchmarking Estándar, en cuanto a las políticas, procesos y procedimientos administrativos y financieros con los que esta organización desarrolla sus operaciones, programas y proyectos.

Esta certificación tiene una validez de 12 meses, durante los cuales el CCT trabajará en un plan de acción para la mejora continua en todos sus procesos, que garanticen la credibilidad y profesionalidad de la organización y seguir siendo merecedora de esta certificación.