El Programa Académico del Sistema de Reservas del Centro Científico Tropical (SIREP-CCT) tiene como función desarrollar, sistematizar y transmitir conocimiento actualizado sobre la biodiversidad, el medio ambiente y su conservación en la región tropical. Está dirigido a grupos organizados de estudiantes de universidades o colegios, así como a otros actores provenientes de organizaciones públicas o privadas tanto a nivel nacional como internacional interesados en la gestión sostenible de los recursos naturales. La oferta académica del programa consiste en una serie de actividades educativas y experienciales dirigidas a profundizar el nivel de conocimiento de los participantes del programa en relación al funcionamiento de los ecosistemas tropicales, los impactos que generan las actividades humanas sobre dichos sistemas y las formas en cómo éstos impactos pueden ser corregidos.

Paralelamente, el programa académico fortalece el modelo de conservación del SIREP-CCT a través de la capacitación del personal en temas de bioalfabetización, así como por medio del desarrollo de la Red de Sistemas Agroforestales en los Corredores Biológicos, la cual tiene el objetivo de facilitar la conectividad ecológica del paisaje y promover alternativas para desarrollar medios de vida sostenibles en las comunidades a través de la investigación y la enseñanza de la Agroforestería.